PKBI didirikan pada 23 Desember 1957 di Jakarta oleh sekelompok individu dari kalangan
medis dan tokoh-tokoh masyarakat yang memiliki kepedulian terhadap kesehatan ibu
dan anak serta kesejahteraan keluarga. Sosok-sosok pelopor tersebut di antaranya Dr. R.
Soeharto, Dr. Hurustiati Soebandrio, Nani Soewondo, S.H, Ms., Untung, Ms., Sjamsuridjal, Prof. Sarwono Prawirohardjo, Dr. Marsidi Judono, Dr. R. Hanifa Wiknjosastro, Ms., Ny.
Roem, Dr. Koen S. Martiono, Ms., dan Pudjohutomo. Pada waktu itu, angka kematian ibu
melahirkan dan bayi sangat tinggi sehingga perlu suatu langkah pencegahan, pembinaan,
dan perencanaan keluarga yang lebih baik.
PKBI melakukan kerja sama bersama mitra lain dan didukung lembaga donor dalam menjalankan proyeknya. Seperti kerja sama secara khusus dalam pelaksanaan program dengan kontrak durasi setahun ke atas dilaksanakan dengan Departemen Sosial (sekarang Kementerian Sosial) untuk program pendampingan PS (Pekerja Seks) dan ODIV (Orang dengan HIV).
Departemen Kesehatan dalam bentuk program Kementerian Kesehatan untuk pelayanan VCT atau Konseling dan Testing Sukarela. Lembaga Dana, antara lain: UNFPA, ILO, Youth Foundation, UNDP, FHI, Cordaid, Global Fund, dan lain-lain. Serta jaringan organisasi masyarakat yang memiliki kesamaan pilar terhadap kelompok sasaran PKBI seperti KPAB, KPAD, Yayasan Kontak, Widya Prakarsa, PIKMI, YKI, Kharisma Salman, JaRI, Lembaga Perlindungan Anak (LPA), dan sebagainya.
PKBI merupakan Organisasi Masyarakat Sipil (OMS) yang sebelumnya lebih dikenal dengan istilah LSM. Di Indonesia, dasar hukum yang mengatur tentang organisasi kemasyarakatan adalah Undang-Undang Republik Indonesia nomor 16 tahun 2017 tentang penetapan Peraturan Pemerintah pengganti Undang-Undang nomor 2 tahun 2017 tentang perubahan atas Undang-Undang nomor 17 tahun 2013 tentang organisasi kemasyarakatan menjadi Undang-Undang. Dengan demikian, PKBI adalah salah satu OMS yang turut berperan aktif dalam upaya pembangunan demi tercapainya tujuan NKRI.
